扬州有2490年文字可考的历史。

大约距今7000年～5000年前，淮夷人就在扬州一带劳动生息，就有了水稻栽种。

春秋时期，今扬州市区西北部一带称邗。公元前486年，吴灭邗，筑邗城，开邗沟，连接长江、淮河。越灭吴，地属越；楚灭越，地归楚。公元前319年，楚在邗城旧址上建城，名广陵。秦统一中国后，设广陵县，属九江郡。

汉代，今扬州称广陵、江都，长期是王侯的封地。吴王刘濞“即山铸钱、煮海为盐”，开盐河（通扬运河前身），促进了经济的发展。为了改善和巩固民族关系，元封六年（公元前105年）汉武帝把江都王刘建的女儿刘细君嫁到乌孙国，比王昭君嫁到匈奴还早80多年。东汉末年，张婴率领的农民起义军在广陵一带转战10余年后，虽被广陵太守张纲劝降，但不久，许多起义的农民又响应并参加了黄巾起义。

三国时期，魏吴之间战争不断，广陵为江淮一带的军事重地。

南北朝时期，广陵屡经战乱，数次变为“芜城”，但由于劳动人民数百年的辛勤开发，经济地位在恢复中不断提高。山东青州、兖州一带的移民南迁广陵一带，促进了扬州的经济发展。北周改广陵为吴州。

589年，陈灭，建立了统一的隋政权。隋改吴州为扬州，置总管府。至此，完成了历史上的扬州和今天的扬州在名称区划、地理位置上的基本统一。炀帝时，开大运河连接黄河、淮河、长江，扬州成为水运枢纽，不仅便利交通、灌溉，而且对促进黄河、淮河、长江三大流域的经济、文化的发展和交流起到重要作用，奠定了唐代扬州空前繁荣的基础。605年至616年，隋炀帝三下江都（今扬州）。618年，被部下宇文化及所杀，葬于扬州城西北五里吴公台下，后迁葬于雷塘。619年，农民起义军李子通建都扬州，国号吴。626年，复称扬州，治所自此在今扬州。

唐代的扬州，农业、商业和手工业相当发达，出现了大量的工场和手工作坊。不仅在江淮之间“富甲天下”，而且是中国东南第一大都会，时有“扬一益二”之称（益州即今成都）。扬州是南北粮、草、盐、钱、铁的运输中心和海内外交通的重要港口，曾为都督府、大都督府、淮南道采访使和淮南节度使治所，领淮南、江北诸州。在以长安为中心的水陆交通网中，扬州始终起着枢纽和骨干作用。作为对外交通的重要港口，扬州专设司舶使，经管对外贸易和友好往来。唐代扬州和大食（阿拉伯）交往频繁。侨居扬州的大食人数以千计。波斯、大食、婆罗门、昆仑、新罗、日本、高丽等国人成为侨居扬州的客商。日本遣唐使来扬州和高僧鉴真东渡日本，促进了中日两国的政治、经济、科学和文化的交流。扬州人李善在吸收前人成果的基础上，重新注释《文选》，旁征博引，为后人保存了大量已经散失的重要文献资料。其子李邕，不仅文章、诗歌很有影响，也是继虞世南、褚遂良之后的大书法家之一。张若虚为“吴中四杰”之一，仅《春江花月夜》一首，就有“以孤篇压全唐”之誉。684年，徐敬业、骆宾王在扬州起兵反对武则天执政。

唐末五代，军阀混战，扬州遭到严重破坏。杨行密在扬州建立政权，史称“杨吴”，有短时间的经济恢复。不久，又陷入战争的破坏之中。

960年，北宋建立。农业、手工业迅速发展，商业进一步繁荣，扬州再度成为中国东南部的经济、文化中心，与都城开封相差无几。商业税收年约8万贯，在全国居第三位。1127年，高宗赵构在金人进逼、迁都过程中，以扬州为“行在”一年，更促进了扬州的繁荣。1275年～1276年，李庭芝、姜才率军队与扬州人民一起向元军开展了不屈的斗争，不幸殉难，扬州城只剩数千人。100多年间，扬州一直是抗金、抗元的战场。韩世忠、刘琦、岳飞等南宋名将在这一地区进行了艰苦的斗争。战争使经济和社会遭到严重破坏，但在局势相对稳定的情况下，扬州的经济又不断恢复发展。在文化上，欧阳修、苏轼、秦观、姜夔、王令等在扬州留下大量传世名作。

元、明两代，扬州经济发展加快。来扬州经商、传教、从政、定居的外籍人日渐增多，其中仍以波斯人和阿拉伯人为最。元时，几次整治运河扬州段，基本形成了今天的走向，恢复了曾一度中断的漕运，扬州又迅速繁华起来。明时，随着商品经济的发展，孕育了资本主义生产关系的萌芽。扬州的商业主要是两淮盐业的专卖和南北货贸易。盐税收入几乎与粮赋相等。商业扩大到旧城以外。手工业作坊生产的漆器、玉器、铜器、竹木器具和刺绣品、化妆品都达到了相当高的水平。为防止倭寇再次入侵，1556年，扬州又建“新城”。在文化上出现了睢景臣等一批杂剧、小说家。在元末农民起义中，张士诚领导的农民起义军坚持了16年。明朝灭亡后，为阻止清兵南进，南明督师史可法率军坚守孤城，宁死不降，表现了坚贞不屈的民族气节。城陷后，清军屠城10日，死者数以万计。

清代，康熙和乾隆多次“巡幸”，使扬州出现空前的繁华，成为中国的八大城市。城市人口超过50万，是18世纪末、19世纪初世界十大城市之一。当时的扬州，居交通要冲，富盐渔之利，盐税与清政府的财政收入关系极大。各地商人增多，纷纷在扬州建起了会馆，各有营业范围和地方特色。同时兴起的还有会票——信用汇兑。在文化上，一些盐商广结文士，爱好藏书，修建府学、县学，恢复名胜古迹，兴建园林，对扬州的文化发展有一定的贡献。这期间出现了以金农、李鱓、高翔、郑燮、罗聘等“扬州八怪”为代表的扬州画派，以阮元、焦循、汪中、任大椿和王念孙、王引之父子为代表的“扬州学派”。扬州戏剧历史悠久，至清代大盛。1790年，为庆祝乾隆皇帝80寿辰，以宝应高朗亭为班主的三庆班进京演出，与其他剧种一起，对京剧的形成和发展产生重要影响。扬州的雕版印刷和扬州的评话、清曲、扬剧、木偶剧和棋、琴均在清代达到了相当高的水平，形成自己的特色，促进了扬州成为当时中国文化中心的形成并奠定了文化中心的基础。

19世纪中叶以后，由于运河山东段淤塞，漕粮改经海上运输，淮盐改由铁路转运，加上其他方面的原因，扬州在经济上逐渐衰落。第一次鸦片战争期间，扬州府属的瓜洲、仪征等地人民奋起抵抗英军的侵略。太平天国农民起义军先后3次在扬州一带抗击清兵南北大营的分兵合击。在孙中山领导的民主主义革命中，1908年11月，扬州人熊成基在安徽以陆军炮营队官的身份，组织领导了著名的安庆新军起义，向清政府开了第一枪，开始了武装夺取政权的尝试。1911年11月，孙天生与同盟会联系，发动武装起义，史称“扬州光复”。

民国元年（1912年）废扬州府，置江都县。1922年，扬州境内第一条公路兴建完成。1931年，洪水泛滥，长江和运河沿线决口60余处。死于水灾、饥饿和疫病者数十万。1925年，中国共产党在扬州一带组织、领导人民进行新民主主义革命。1937年12月，日本侵略军占据扬州。1938年，新四军陈毅、粟裕奉命率部北渡长江，开辟苏中抗日根据地。在抗日战争和解放战争中，扬州人民在中国共产党领导下，与敌人进行了艰苦卓绝的斗争，为新民主主义革命的胜利，为淮海战役和渡江战役的胜利作出了重要贡献。

辛亥革命以后，扬州的文化艺术领域名家辈出。比较有影响的作家、艺术家有刘师培、李涵秋、贡少芹、张丹斧、陈含光、潘月樵和革命作家李进、李俊民、韩北屏、许幸之、江树峰等。朱自清是对扬州文学很有影响的人物；李涵秋33部小说中，以反映扬州里巷风俗轶闻的《广陵潮》著名。

1948年底至1949年4月，扬州各县相继解放。1949年1月25日，今扬州市区解放，设置扬州市。以仙女庙镇为治所，另建江都县。